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str鑒定結果的數(shù)據(jù)要怎么看？

發(fā)布時間：2024/10/8 8:49:30      閱讀次數(shù)：189

 STR（Short Tandem Repeat，短串聯(lián)重復序列）基因位點由長度為3-7個堿基對的短串連重復序列組成，這些重復序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態(tài)性標記，被稱為細胞的DNA指紋，其可通過PCR（聚合酶鏈式反應）來檢測。

STR基因座上的等位基因可通過擴增區(qū)域內(nèi)重復序列的拷貝數(shù)的不同來區(qū)分，在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別。隨后通過一定的計算方法，即可根據(jù)所得的STR分型結果與專業(yè)的細胞STR數(shù)據(jù)庫做比對，從而推算出樣品所屬的細胞系或可能存在的交叉污染的細胞系名稱。
STR分型圖譜

根據(jù)實際PCR擴增后檢測到的片段長度和分型信息，會得到該細胞STR檢測結果的峰圖。一般而言，人源細胞或小鼠細胞STR圖譜上，一個基因位點只會出現(xiàn)1個或2個峰，即純合和雜合。一個基因位點出現(xiàn)3個及以上峰稱為多等位基因，當結果中出現(xiàn)大于或等于3個多等位基因提示可能存在同源物種交叉污染；存在1-2個多等位基因可能源于細胞變異,不視為污染。但要注意也可能是三倍體等多倍體突變現(xiàn)象。

圖1. 該人源細胞分型結果良好，無人源細胞交叉污染。其20個位點全部出單(純合)或雙峰(雜合)


STR位點信息

根據(jù)鑒定得到的細胞STR位點信息可在ExPASy細胞數(shù)據(jù)庫中進行比對，數(shù)據(jù)來源包括ATCC，DSMZ，JCRB 等細胞庫以及文獻和資料記載。
在檢測結果有效的前提下，將受檢細胞系的STR位點的基因分型數(shù)據(jù)與其對應的標準STR 基因分型數(shù)據(jù)進行比對，其匹配度與鑒定結果關系如下：
匹配度 鑒定結果
≥80% 為標準細胞系或為標準細胞系的衍生細胞系
55%-80% 結合細胞系形態(tài)、細胞系特異性標記物等做輔助分析并進行綜合判斷
≤55% 與其對應的標準細胞系不相關

 

細胞種屬鑒定
若需解決人及部分小鼠以外種屬細胞無法采用STR鑒定進行檢測的問題，以及種屬間細胞交叉污染的問題，可采用細胞種屬鑒定方法。通過提取細胞DNA，用種屬熒光復合引物MIX對動物線粒體COI基因進行擴增，然后用遺傳分析儀對擴增產(chǎn)物進行毛細管電泳檢測和分析的方法，快速準確地判斷檢測細胞的種屬以及是否存在不同種屬的交叉污染。

這種方法主要通過對應位置出峰來判斷是否為該種屬。需要注意的是，10-18S位點必須出峰，若未出峰，則表明擴增失敗。若細胞出現(xiàn)多峰，則表明該細胞存在交叉污染。

圖2. 擴增結果顯示為豬細胞，且無其他種屬細胞交叉污染


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