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TRAP-銀染法端粒酶活性檢測試劑盒

發(fā)布時間:2021/11/10 9:12:31      閱讀次數(shù):907

 TRAP-銀染法端粒酶活性檢測試劑盒

產(chǎn)品信息:Kim于1994年借助PCR技術(shù)建立了靈敏的端粒酶檢測方法——端粒重復(fù)片段擴(kuò)增(telomerase repeat amplification protocol,TRAP)。本產(chǎn)品是在其方法的基礎(chǔ)上,進(jìn)行適當(dāng)改良,開發(fā)出來的研究用試劑盒。

本品與通常的端粒酶活性測定法相比較,具有以下特征:

1、內(nèi)標(biāo)與端粒酶提取液在同一管里進(jìn)行PCR擴(kuò)增,提高了檢測的準(zhǔn)確性。

2、提供了陽性對照,可以更加準(zhǔn)確地判定陽性實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

3、優(yōu)化了引物設(shè)計,使PCR 效果進(jìn)一步提高。

使用須知:本試劑盒為研究用試劑,不能將其作為診斷或臨床檢測試劑使用。

背景知識:端粒酶是合成染色體末端的端粒的酶。端粒(telomere)是真核細(xì)胞染色體的天然末端,由上千個6堿基重復(fù)序列(TTAGGG)組成,是細(xì)胞必需的遺傳組分,它的作用是維持端粒有足夠的長度,保證基因信息在復(fù)制過程中的準(zhǔn)確性,以防止染色體末端遺傳信息的丟失。在正常情況下,每個細(xì)胞分裂周期都會使端粒變的越來越短,當(dāng)端粒短到一定程度時就會發(fā)出信號,細(xì)胞停止分裂。

端粒酶由RNA和蛋白質(zhì)亞基組成,是基本的核蛋白逆轉(zhuǎn)錄酶,在細(xì)胞染色體復(fù)制過程中,能夠以自身RNA為模板,在染色體3’末端合成重復(fù)序列,維持端粒的長度。端粒酶在正常體細(xì)胞中的活性被抑制,但是大量的資料表明在一些惡性腫瘤中的表達(dá)高達(dá)85%。

由于端粒酶特異地表達(dá)于各種腫瘤細(xì)胞,并且是大多數(shù)腫瘤細(xì)胞持續(xù)分裂所必需的。因此,端粒酶活性是診斷多數(shù)惡性腫瘤、判斷愈后的良好指標(biāo)。

基本原理:利用端粒酶在體外可以以其自身RNA的模板區(qū)為模板,在適宜的寡核苷酸鏈的末端添加6個堿基的重復(fù)序列的特性,采用PCR方法擴(kuò)增此重復(fù)序列,并進(jìn)而用聚丙烯酰胺(PAGE)凝膠電泳顯示6個堿基差異的梯帶。1994年Kim建立的TRAP法,其主要原理如下:首先合成一個18nt的TS做上游引物,端粒酶結(jié)合TS末端的GTT并合成AGGGTTAG,然后每經(jīng)過一次轉(zhuǎn)位合成一個ggttag的6堿基重復(fù)序列,端粒酶滅活后,加入CX做下游引物,經(jīng)過多次變性-退火-延伸,擴(kuò)增端粒酶延伸產(chǎn)物。
 TBD-PCR端粒酶活性檢測試劑盒基于同樣的的原理,利用銀染技術(shù)檢測端粒酶的活性。陽性結(jié)果在凝膠電泳上顯示相隔6bp的梯狀條帶,條帶的多、寡、深或淺表示端粒酶活性的大小。TRAP-銀染法保留了傳統(tǒng)TRAP法靈敏度高、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),避免了同位素的放射污染。同時,還增設(shè)了內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物,提供陽性對照品,優(yōu)化了引物設(shè)計,使PCR效果進(jìn)一步提高,使之能夠高靈敏的檢測到細(xì)胞和組織提取物中端粒酶的活性。

試劑盒組成:

組分

50 次實(shí)驗(yàn)量

Wash buffer

11ml

Lysis buffer

2.2ml

10×PCR buffer

140μl

dNTPs

165μl

Primer1

165μl

Primer2

28μl

Primer3

110μl

Taq -DNA Polymerase

17μl

ddH2O

750μl

陽性對照模板

55μl

內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)模板

55μl

 

操作步驟

1、端粒酶的提取

⑴ 手術(shù)后取下的活組織,立即保存在液氮之中。

⑵ 40~100mg 冷凍(-70%℃)組織用無菌眼科手術(shù)剪盡量剪碎,研磨器研磨,加入 40 ul Lysis buffer(使用前每 ml Lysis buffer 加入 2μl  β-巰基乙醇);或 1~2×106 沉淀細(xì)胞直接加入 40µl 預(yù)冷的 Lysis buffer,懸浮細(xì)胞,渦旋振蕩10s, 置冰浴中 30min,每間隔數(shù)分鐘渦旋振蕩一次,共 5-6 次。

備注:為了獲取比較理想的端粒酶提取液,建議在一些干硬組織中適當(dāng)加入 Wash buffer。

⑶ 4℃離心(13000rpm,20min)。

⑷ 移取上清,分裝 3-4 管,每管約 20μl。其中一份樣品用于蛋白質(zhì)濃度定量,其余迅速冷凍,-70℃保存。

 TRAP-銀染法端粒酶活性檢測試劑盒

2、PCR 擴(kuò)增(1×25ul)

 

3、PCR 擴(kuò)增:

⑴ 每管加入Ⅰ液 9μl 及端粒酶提取液 1μl,混勻,30℃反應(yīng) 30min。

⑵ 上述各管 93℃加熱 1min 滅活。

⑶ 向上述各管中加入預(yù)熱至 93℃的Ⅱ液各 13ul,混勻,進(jìn)行第一步擴(kuò)增。擴(kuò)增條件如下:

第一步:

步驟

時間

溫度

預(yù)變性

3m

93

變性

35s

93

退火

35s

42

延伸

90s

72

循環(huán)數(shù)

5

延伸

60s

72

 

(4)在第一步擴(kuò)增最后一個循環(huán)的延伸一步的最后幾秒,暫停儀器運(yùn)行,快速向各管中加入primer3 2ul 和稀釋后的內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)模板1ul。繼續(xù)運(yùn)行儀器,進(jìn)行第二步擴(kuò)增。擴(kuò)增條件如下:

(5)

第二步(連接第一步):

 

步驟

時間

溫度

預(yù)變性

60s

93

變性

40s

93

退火

40s

60

延伸

50s

72

循環(huán)數(shù)

36

延伸

8m

72

 

4、10%聚丙烯酰胺凝膠電泳(所有溶液,用戶自備)

⑴ 制備 10%非變性聚丙烯酰胺凝膠(20ml)。

ddH2O11.19 ml

36%Acr-1%Bis5.46 ml

5%TEMED0.4 ml

10×電泳緩沖液2 ml

1.25% APS1 ml

⑵ 取10ul PCR產(chǎn)物與2ul上樣緩沖液混合后加樣,用0.5×電泳緩沖液作為電極緩沖液,180V電泳2h。

⑶ 小心剝離凝膠,并置于50%甲醇、10%醋酸中,固定過夜。

備注:

① 10×電泳緩沖液:15g Tris 、14g 硼酸和1.17g EDTA (不帶 2Na)  ,用ddH2O定容至 200ml。

② 10×上樣緩沖液:0.01%溴酚蘭、40%甘油、62.5mM Tris-HCl(pH6.7)

5、銀染(所有溶液,用戶自備)

⑴ 將凝膠置于 10%醋酸固定30min后用蒸餾水漂洗3次,每次5min;

⑵ 將凝膠置于0.2g/L 硫代硫酸鈉浸泡1min, 然后用蒸餾水漂洗3次,每次30s;

⑶ 將凝膠置于硝酸銀染液中浸泡 30min, 然后用蒸餾水漂洗 30s;

⑷ 將凝膠置于顯影液中顯色 10min 左右直到全部條帶顯色清晰為止;

⑸ 將凝膠置于 5%醋酸中浸泡終止反應(yīng)。

⑹ 選擇適當(dāng)時機(jī)照相。

備注:

① 硝酸銀染液:0.2g AgON3、25ul 37%甲醛,定容至 100ml。

② 顯色液:3g Na2CO3、25ul 37%甲醛、0.4mg 硫代硫酸鈉,定容至 100ml。

6使用凝膠分析軟件進(jìn)行結(jié)果分析

 

實(shí)驗(yàn)方法的說明

1、端粒酶的提取:端粒酶本身有RNA 和酶功能基團(tuán),極其容易被降解、失活。因此,應(yīng)該按提取細(xì)胞總RNA 的要求,盡量在低溫條件下,快速操作。簡化不必要的反復(fù)洗滌程序,提高提取液的蛋白質(zhì)濃度。小量分裝,盡量避免反復(fù)凍融。2、反應(yīng)前,測定每個樣品的蛋白質(zhì)濃度,并稀釋至同一濃度,以保證端粒酶樣品加入量基本一致。

3、為了讓實(shí)驗(yàn)更具有客觀性,實(shí)驗(yàn)時,請務(wù)必設(shè)定陽性對照和陰性對照,本試劑盒提供陽性對照的模板,并提供陰性對照的實(shí)驗(yàn)方法。陽性對照的實(shí)驗(yàn)方法:另設(shè)一陽性對照管,以陽性對照模板代替端粒酶提取液加入即可。陰性對照的實(shí)驗(yàn)方法:可以把III液混合,每管24ul混合液,再加入端粒酶提取液,混勻后直接在90℃加熱10min滅活,不經(jīng)過PCR擴(kuò)增,直接電泳,以排除樣品中存在的蛋白質(zhì)對核酸銀染的干擾。

4、關(guān)于內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)模板的使用為了便于進(jìn)行各樣品間端粒酶活性的比較,我們提供了內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物。該內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物可以作為模板,用于檢測端粒酶活性的同一對引物進(jìn)行擴(kuò)增。內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)模板擴(kuò)增片段長度為:50bp。

該內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物的使用有兩種方法:

第一種方法:將內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物以一定量加入到端粒酶樣品之中,用同一對引物在同一擴(kuò)增管內(nèi)進(jìn)行競爭性擴(kuò)增。然后通過比較電泳圖譜中內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物和端粒酶擴(kuò)增帶的相對強(qiáng)度,即可達(dá)到相對定量的目的。考慮到實(shí)驗(yàn)方法的靈敏度,并避免PCR 擴(kuò)增時的平臺效應(yīng),只有當(dāng)端粒酶的模板(與其活性相對應(yīng))和內(nèi)標(biāo)的模板比例相接近時,方能得到較理想的分析效果。

基于不同來源樣品的端粒酶的活性不同,需要將高濃度的模板進(jìn)行一系列的稀釋,比如依次稀釋為100、1000、10000、100000、1000000 等倍數(shù),分別取1ul與等體積的端粒酶樣品混合后作為模板,進(jìn)行擴(kuò)增。選擇一個內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物和端粒酶均能明顯擴(kuò)增的稀釋度用于今后的實(shí)驗(yàn)。此種方法從理論上講更嚴(yán)謹(jǐn),考慮到了模板的長度,擴(kuò)增效果和端粒酶活性的關(guān)系,但是需要客戶自己摸索最佳條件。實(shí)驗(yàn)室建議在端粒酶活性比較高的情況下將內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)模板稀釋105再進(jìn)行擴(kuò)增。

第二種方法:是將我們提供的高濃度內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)物,在進(jìn)行電泳時加入。這樣也能夠?qū)崿F(xiàn)半定量分析,而且方法簡單可行。 

 

常見問題

1、細(xì)胞提取物中沒有足夠的端粒酶:在冰浴條件下制備細(xì)胞和組織提取物,盡量縮短制備時間,適當(dāng)用較高濃度的端粒酶樣品,減少不必要的操作。

2、端粒酶的反應(yīng)時間不夠:保證反應(yīng)時間不少于20min。

3、所有樣品和陰性對照都成陽性:PCR殘余污染。PCR反應(yīng)的每一組分勿重復(fù)使用保證使用潔凈的PCR管和PCR試管架

4、同一種組織會有不同的端粒酶的表達(dá)活性:動物本身就有種內(nèi)差,每個個體的端粒酶的表達(dá)活性情況也會不一樣。同一個體的不同組織(如睪丸/骨髓)端粒酶的表達(dá)也不一定相同。同一個體的同一組織的不同部位端粒酶的表達(dá)情況也不一定相同。

5、腫瘤組織中沒有出現(xiàn)預(yù)期的端粒酶條帶:腫瘤組織中端粒酶的表達(dá)達(dá)85%,也有部分腫瘤組織中沒有端粒酶的表達(dá),所以極少數(shù)腫瘤組織中有可能沒有出現(xiàn)端粒酶的條帶。

6、陽性對照中看不到梯度:因反復(fù)凍融會導(dǎo)致陽性對照中的端粒酶失活,所以應(yīng)注意低溫操作。

7、陰性對照里有梯度條帶出現(xiàn):PCR產(chǎn)物、lysis buffer及反應(yīng)試劑等交叉污染,請將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物提取區(qū)域和反應(yīng)試劑配制區(qū)域分開。另外請經(jīng)常使用手套。電泳上樣時的交叉污染,每次上樣時更換槍頭。

8、由于熱處理、RNase處理不充分而引起梯度條帶消失:將要使用的槍頭用DEPC水浸泡至少24小時,再進(jìn)行高壓滅菌,烤干;提取樣品所用的玻璃制品、陶瓷品及手術(shù)器械等經(jīng)烤箱170℃烘烤5個小時。

9、端粒酶活性不高:改善端粒酶反應(yīng)條件,適當(dāng)增加端粒酶反應(yīng)時間,適當(dāng)增加PCR循環(huán)數(shù)(但要避免達(dá)到平臺效應(yīng),使非特異性擴(kuò)增大量出現(xiàn)),避免lysis buffer的惡化,盡量減少端粒酶樣品反復(fù)凍融。實(shí)驗(yàn)操作的指導(dǎo)原則是快速,低溫。

質(zhì)量檢測報告

產(chǎn)品名稱:TRAP-銀染法端粒酶活性檢測試劑盒(TRAP-Silver Staining Telomerase Detection Kit)

HL-60細(xì)胞在37℃,5%CO2 培養(yǎng)箱培養(yǎng),并利用本試劑盒進(jìn)行檢測,經(jīng)電泳檢測PCR產(chǎn)物,呈現(xiàn)陽性梯帶,視為合格。  


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